Researchat.fm

Kosuke Fujishimaさんをゲストに迎え、アストロバイオロジー、生命の起源などについて話しました。Shownotes このShownotesは藤島さんからのコメント・修正を受ける前です。またコメント・修正を受け取り次第更新いたしますのでご了承ください。 (by tadasu) Kosuke Fujishima Kosuke Fujishima@Twitter Kosuke Fujishimaさんがバイリンガルニュースに出た回 アストロバイオロジー … 宇宙生物学 アストロバイオロジー　米国航空宇宙局（NASA）エクソバイオロジーとアストロバイオロジーの歴史 … アストロバイオロジーの説明漫画 NASA ESLI SFC … 慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス 冨田勝 金井明夫 アーキア(古細菌) RNA 藤島さんのtri-split tRNAの論文 … “Tri-split tRNA is a transfer RNA made from 3 transcripts that provides insight into the evolution of fragmented tRNAs in archaea” 別々に転写された3つのパーツからｔRNAが合体して機能する！！ 慶應義塾大学先端生命科学研究所 海外学振 あのクマムシ博士 … クマムシ博士、我々はいつでも出演していただけるのを待っております！(by Researchat.fm一同) クマムシ博士の「最強生物」学講座 私が愛した生きものたち クマムシ?!―小さな怪物 AMES Research Center クマムシさん 腸内細菌 リボソーム … 高校生物IIでは習うはずです by tadasu 細胞はリボソームを作るマシーンである RNA, アミノ酸、タンパク質、それぞれの構造の複雑さと組み合わせの複雑さ、そして粒度などなどを考えていく必要がありますね (by tadasu) 翻訳 … セントラルドグマの方のやつ リボソームRNA tRNA アミノ酸 分子生物学 スーパーサイエンスハイスクール(SSH) バイオサミット ミトコンドリア ネアンデルタール人　… ノーベル賞取った！ シアノバクテリア LUCA

kagayaさんをゲストに迎え、シャコパンチの話題を中心に色々話しました。Shownotes Katsushi Kagaya 140. Recurrency (Researchat.fm) … “kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)” kagayaさんの(Self-organized criticality 自己組織化臨界)SOC論文　準備電位は自己組織化臨界状態で生じる神経雪崩と呼ばれるスケールのない、冪則に従う神経活動であるという主張の論文　https://doi.org/10.48550/arXiv.2209.09075 リザバー … リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) Researchatfm sticker リザバーハンドブック … Hands-on reservoir computing: a tutorial for practical implementation リザバーのコード … Simple Echo State Network implementations で、Echo State Network のミニマルな実装が、R、Julia、Python、MATLABのそれぞれの実装が公開されています。 Herbert Jaeger かがやさんの文章 … 超高速運動から個性そして多様性 ゆるふわ生物学のシャコパンチ回 シャコパンチ … 主にパンチして貝殻を割って食べるタイプのスマッシャーシャコの打撃運動のことをシャコパンチと言っているが、突き刺すのが得意なスピアラーシャコもパンチをする。スピアラーシャコに破られた水槽 Sheila Patek The shrimp with a kick! … Sheila Patek先生のTED テラフォーマーズ 海の牙 … 勝手に拝借失礼いたします。星野之宣先生の作品のようです。 えびボクサー … “邦題は『えびボクサー』で公式ポスターにもエビが描かれているが

BC州に広がる大自然の音をお届けします。Shownotes Elaho River (Wikipedia) … BC州は険しい山々を擁し、手つかずの大自然が広大に広がっています。Elaho川には2,000m級の山々と夏場でも雪が溶けない氷河から豊かな水が流れ込みます。険しい山道を川沿いに50km以上も北上し、辺り一帯を探索しキャンプしています。もちろん一人の人間もいません。 Exploring Elaho river in BC (Google Photo) … sohが撮った写真です。雪山、天の川銀河まで見える満点の星空、激しい岩肌がお気に入りです。 TheStoryTillNow (YouTube) … BCに住むYoutuber。彼の映像を見てBCに広がるバックカントリーの美しさや激しさに引き込まれました。 The Road To Paradise, Epic Jeep Gladiator and EcoDiesel JL Off-Road Adventure TheStoryTillNow (YouTube) Editorial Notes 途中、なにを料理している音かわかりましたか？好評ならこのシリーズを続けたいです。感想あれば嬉しいです (soh)

コロナの終わり、植物や星の名前、アメリカやカナダの捉えきれない広大さ、新しいポッドキャストについての雑談です。Shownotes Monkeypox Signs and Symptoms ぷらんちゅ うずまき猫のみつけかた 村上春樹 Seattle Mariners 10 Fascinating Facts About The Moab Desert バーニングマン (Wikipedia) Editorial Notes 編集をながらくさぼってすみませんでした… もうカナダは冬に突入しています (soh)

昔使っていたウェブブラウザ、使いにくいあのシステム、パスワードのふりがな、最先端のチェックテクノロジー、学振の黒三角形の思い出等について話しました。Shownotes Opera Internet Explorer Sleipnir Netscape Google Chrome Microsoft Edge Firefox Safari 1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm) Infoseek … 今は楽天なのか… ドリームキャスト scam … 詐欺 Google Pixel 例のイルカ Dunkin’ TurboTax Multi-factor authentication (Wikipedia) 携帯の解約問題 (Togetter) 沈黙 (Wikipedia) 在ボストン日本国領事館 … いつもお世話になっております。 ゴルゴ13の漫画 (Twitter) … みんなSNSで報告するやつ 割印 アメリカも読んだ確認のために謎のイニシャルだけを書いていくやつあります。最近はイニシャルを登録するとクリックするだけで勝手に入れていってくれる… 公益社団法人 全日本印章業協会 … 公益社団法人全日本印章業協会は、個人、法人の財産を守る印章の重要な役割を啓発し、日本の文化に根を下ろし、社会において重要な役割を果たしている印鑑登録制度の健全な発展に寄与することを目的としています。 学振の三角形 (Twitter) …　調べると落合先生も最近書いてくださっていた。 学振の三角形 … もともと三角はプリントされていて、余白の部分を含めて枠の外を塗るのだった気がする。 日本で獲ったPh.D.がアメリカでも通用することの証明 … Ph.D.は世界共通じゃなかったのか！！！ researchmap … researchatと少しかぶるやつ NIHのbiosketch ファクシミリ (Wikipedia) ピーヒョロローは違う? … 昔のインターネッツだよな スマートスピーカー (Amazon.co.jp) Editorial Notes これは本当にありそうな夢の話です (soh) ドリカム(coela) 夢が揃いすぎてびびりました。

遠藤礼子さんをゲストに迎え、アメリカのスタートアップ(Biobot Analytics)での仕事、下水疫学とCOVID-19、マラリア研究のためのエチオピアでのフィールドワークと大学院留学、自分を成長させる方法、故郷・山形への熱い思いと将来の目標について話しました。Shownotes 遠藤礼子(Noriko Endo)さん … 今回のゲスト。tadasuがこいつ強すぎるぜぇ…と思っている一人。今回は出演していただき光栄です。 解答のない参考書 - 人生をデザインするための12人のインタビュー - #01遠藤礼子さん … こちらに遠藤さんの経歴がまとめられています。 山形東高校 … 東北の名門 山辺町 … 今の町長さんも遠藤さんだけど遠藤礼子さんとは関係ないらしい。 MIT Biobot Analytics TIME100 MOST INFLUENTIAL COMPANIES OF 2022 … Biobot AnalyticsはTIME誌が選定したMOST INFLUENTIAL COMPANIES of 2022に選ばれました！ The 10 most innovative biotechnology companies of 2021 … こちらにもBiobot Analyticsは選ばれています！ オピオイド public health(公衆衛生) overdose …過剰摂取 policy intervention … 政策介入 legal consequence … 法的効果 Duvallet et al. ACS EST Water (2022)) … “Nationwide Trends in COVID-19 Cases and SARS-CoV-2 RNA Wastewater Concentrations in the United States”: Biobot Analyticsのチームによる論文 Pepper mild mottle virus(PMMV) Cambridge Covid19 Weekly Municipal Wastewater Sampling Data 下水疫学 … Wastewater-based epidemiology CDC(Centers for Disease Control

植物の名前がわからない問題、スポーツ・ゲームのいいプレイとは何かについて議論しました。Shownotes ぷらんちゅ … “君と植物を同定して紡ぐ恋愛物語。植物を同定して進める恋愛ゲームです！植物の同定に自信がない方も、問題なくプレイできますのでぜひぜひプレイしてみてください！勿論自信がある方も挑戦してみてくださいね！” ぷらんちゅ IN Singapore … “植物同定恋愛ゲーム第二弾！今回の舞台はシンガポールです。シンガポールにある植物を、沢山知ることができます。同定に自信がない人も、シンガポールの植物を知らない人も、こんなものがあるんだ～と楽しんで頂けたら幸いです！きっとあなたもシンガポールに来たくなる！” まいん先生 … ゲーム開発者と化したまいん先生 ぷらんちゅ実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅをプレイしました。 ぷらんちゅ IN Singapore 実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅ IN Singaporeをプレイしました。 nanopore Street Fighter V Street Fighter 6 弟切草 … 花言葉は、「復讐」。 researchat.book … 出ることのない幻の本 ポについて話した回 ポ画ZINE … ポ絵かきの同人誌が出る？PDF版もあるっぽい？ ポ絵かき テスタメント 過去の攻略回　… ep53 とか ep109 とか 2006年インターハイ剣道　水戸葵陵初優勝 … tadasuは小6の時に同級生の遅野井選手を2001年の正月に松山でみてちびったんだよ。まじで。こんなにつえーやついんの？って。撮影したビデオを本当に擦り切れるまで見返したんだよ。遅野井選手はIH優勝も輝かしいけれども、魁星旗2005の決勝逆4タテはマジで痺れた。とかいいつつ、我々はこの動画の準優勝の成田選手率いる桐蔭学園にフルボッコに予選でされたわけですが笑 今同世代の筆頭といえば西村選手ですが、成田選手も本当にちびるぐらい強かった。北海道の神童村上選手もチームにいるし、東京出身の最強一年生田島選手、宮城の若松兄弟もいて、山形の野口選手もいて、本当に当時の桐蔭学園は泣くほど強かった…オールスターだった。 1986年の高校剣道,

ヒトの細胞で人工的なクオラムセンシングの構築を目指した論文を紹介しました。Shownotes Synthetic mammalian signaling circuits for robust cell population control. Cell 2022 … 今回sohが紹介する論文です The Elowitz Lab at Caltech Quorum sensing (Wikipedia) 80. Guest explains everything (Researchat.fm) … Pomeさんをゲストに迎え、CAR-T治療などについて教えていただいた回 Nishimura et al. Nature Methods 2009 … “An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells” Blasticidin S DamID Editorial Notes 随分と収録から公開の間が空いてしまいましたが引き続き論文を紹介していきます (soh) Quorum sensingおもしろいなぁ(tadasu)

研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)Shownotes 研エンの仲 Neuroradio Harvard Museum of Natural History Glass flowers and plants Aye-aye (アイアイ) … お猿さんなのか？？？ Science Center … 有名な建築家が作った建物 MBTA redline … ボストン周辺は電車が結構走っているので住み良いです(なお家賃… Amtrak … アメリカの鉄道。ボストンからフロリダまで行けるらしいが乗ったことはない。Peterpan busなどの格安バスでもNY-Boston間は移動可能(もちろん、車、飛行機も可能)。名古屋-東京間ぐらい？ Gordon Research Conferences The Power Hour ハーバードの古いコンピューター … Howard Aikenが作ったMark IがScience Centerには展示されていた。今は他の場所に移動。 Harvard Yard Nicholas Bellono … この会合の時に話したtadasuがたまげた研究者。 Editorial Notes 環境音が乗ると Vlog (Alog?) 感があって新鮮ですね。ボストン案内していただきありがとうございました! (ryohei & ayaka) ゲリラ収録面白かったです。三番組のパーソナリティが対面で集まった時の定番になったりして笑　またなんかやりましょう！(miyawaki) ポッドキャストのつながりでお会いできてよかったです！miyawakiさんも来てくれてありがとう！博物館では刺激をいただきました(tadasu)

春の訪れ、Daylight saving time、ペッパーランチの思い出、マリトッツォって何、磁力を使って生きた細胞の中のクロマチンを動かす論文、種間で寿命のばらつきが非常に大きい(11-200歳)根魚のゲノム解析論文について話しました。Shownotes Daylight saving time … いわゆるサマータイム ソメイヨシノ … ソメイヨシノ研究といえば遺伝研の竹中要先生。 Daylight saving timeを一年中使うことの議論 ペッパーランチ 超高級食材でペッパーランチ作ったら美味すぎて言葉を失いました… (by ヒカキン) … 飯テロ許すまじ！ Pepper Lunch in Vancouver Yoshinoya Yayoi BOSSO … Harvard Buisiness Schoolを卒業した人が始めたラーメン屋さん。唐揚げが一番おいしかった。 mochi doughnuts & Taiyaki … ポンデリング系ドーナッツ(mochi doughnuts)とタイ焼きの口からアイスが突っ込まれているタイ焼きアイスクリームのヒットについてはまた話したい。 Tsurumen davis … Researchat.fm ep5で登場した1000日しか営業しないラーメン屋さん。ついに1000日を迎え、営業を終えた（らしい） マリトッツォ … 名前だけ聞いたことがある伝説上の食べ物 BOOK OFF NY Keizer et al. bioRxiv (2021) … “Live-cell micromanipulation of a genomic locus reveals interphase chromatin mechanics” John Gurdon Egli et al. Nature (2007) … “Developmental reprogramming after chromosome transfer into mitotic mouse zygotes” 体細胞の染色体スワップではなかったです… 光ピンセット(Optical tweezers) 磁気ピンセット(Magnetic tweezers) Atomic Force Microscope (AFM) Tetrac

kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)Guest (加賀谷の研究履歴) アメリカザリガニの自発性行動開始の脳機構研究(高畑雅一lab) 行動が外部感覚刺激ではなく自発内発的に生じるとき、その開始が起こる脳内機構を調べるため、ザリガニ脳内の単一ニューロンの膜電位活動を記録、形態染色の技を卒論時から9年間継続してようやく特定のニューロンが見つかった。 シャコの超高速運動の研究(Sheila Patek lab) 神経系が身体機構を通して環境に働きかけるメカニズムの研究として、超高速パンチをするシャコを研究。 カニの行動の個性の研究(Seto Marine Biology lab) 京大白浜水族館の飼育員の原田桂太さんがカイメンで帽子をつくるカニをシャコ水槽の隣でされていて、体のわりに小さすぎる帽子をつくってるカニがいたりして、行動実験とデータ解析を計画。ベイズ統計による解析。 ソフトロボット研究(中嶋浩平 lab→國吉中嶋 lab 2022-) 科研費の新学術領域ソフトロボット学に公募班で採用されて、ソフトロボット的研究開始。中嶋さんとは京大白眉、この領域でお世話になり、現在中嶋ラボへ。 Shownotes Katsushi Kagaya maz Researchat.fm mazさん回 (ep133) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” ゆるふわ生物学 の シャコパンチ回 カニの行動の個性の研究 ソフロボ：ソフトロボット、新学術領域ソフトロボット学 リザバー: リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) 中嶋さんの総説 北大水泳部 kagayaさんの輝かしい水泳の記録 … 勝手に貼ってすいません！(tadasu) 北大理学部生物学科 山本貴司さん 千葉すずさん イトマンオーストラリア遠征：年に一度、全国

F1好きなゲストを迎え、2021年にF1で起きたニュースを取り上げ、F1という競技の面白さや複雑さ、国際情勢とスポーツの関係などについて話しました。Show notes 研エンの仲 - A podcast on Anchor … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています” 93. Language Is Not Required … Researchat.fmのF1回をsohが一人で話しているエピソード。 128. Let’s start a science podcast … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 130. SOMEBODY TO LOVE … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 Radio port F … F1のレギュレーションを読むポッドキャスト番組 国際モータースポーツ諸規則 FIA REGULATIONS … ここから100ページ以上に及ぶF1のレギュレーションを読むことができます（英語） 2021 F1 ABU DHABI GRAND PRIX - REPORT TO THE WORLD MOTOR SPORT COUNCIL - 19 MARCH 2022 … アブダビGPの問題について、何が起こり何が問題だったのか、様々な解決策などが記されている。これが2022のシーズンに実装されることになった。 Race Highlights - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … アブダビGP2021年のハイライト動画。 Verstappen Wins Title With Final Lap Overtake! - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … MaxとLewisのセーフティーカー明けの伝説的なラップ…このような終末になるとは誰も予想できなかった。 Formula 1: Drive to Survive - Netflix Official Site … ネットフリックスによるF1のドキュメンタリーシリーズ Verstappen & Hami

あんかけの餡が食べていると分解されてしまう問題、北米のスーパー事情、クルマで国境を超える簡単さ、おすすめの雑誌やマンガを紹介しました。Shownotes TVer かりそめ天国 月曜から夜ふかし (Wikipedia) アミラーゼ (Wikipedia) フールナイト 白雷の騎士 男子高校生の日常 BRUTAS マガジンハウス BRUTAS 危険な読書 (Amazon) dancyu 餃子の王道 (Amazon) … 巻頭で紹介されている沼津の中央亭が今でも世界最強だとおもっています。本当にあの餃子を最初に食べた時は衝撃だった。(by tadasu) POPEYE 集英社 すばる 早稲田文学 講談社 群像 … 日本にいたころsohは群像や新潮を毎月のように買って読んでいた… SFマガジン (Wikipedia) Number あの人のノートが見たい … ノートフェチにとっては本当に最高だった。Researchat.fm のノート回も一緒にどうぞ。 将棋世界 日本将棋連盟 kotoba 生命とは何か (Amazon) …Torsten Wieselの良い研究は「対」によって行われるとか、今の研究は星を繋いで星座を作るようなもの、みたいな批判やPaul Nurseの「良い研究者はいくつかの問いを投げ掛ければすぐにわかる」みたいな念能力者の言葉みたいなのがすごいよかった笑 (by tadasu) エルフェンリート (Amazon) なるたる (Amazon) のりりん (Amazon) ぼくらの (Amazon) Editorial notes みなさんはあんかけで困っていますか？(soh) あんかけがびしゃびしゃになる人がいるの本当に目からウロコです。アスパラガス尿なみにびっくり。(tadasu) 俺のアミラーゼ力が足りないというのか…？(coela)

アガロースだけを温め続けた電子レンジ、ラボを渡り歩く長寿な実験器具、弁当箱にあった1.5mlチューブ、クリップの旬について話しました。Show notes 133. The longest self-introduction (Researchat.fm) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” 136. Silk Lord (Researchat.fm) … “生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)” アガロース … いわゆる寒天。生物実験のいろいろなものを固めるために使われる。温めて溶かすため、電子レンジが多用される。突沸注意！ アガロースを温め続けた電子レンジ by @Tamura_Lab 電気泳動 エチブロ(エチジウムブロマイド) … 電気泳動後にゲル中のDNAを染色するために用いられる。発癌性があるために取り扱いに注意が必要であり、最近は他の代替物によって置換されつつある。 サランラップ … 日本のラップは神。サランって何？余談ではあるが、wrapである。tadasuがアメリカに来た当初のノートにはrapと書かれており、それを同僚に見られて爆笑されてしまったことがある… ブロッキング … 非特異的なタンパク質への吸着を防ぐために、おこなわれる処理。スキムミルクが用いられることがある。 やかんオートクレーブ なんちゃらしん … カナマイシン、ネオマイシン、ナタマイシン、などなど。クロちゃんではない。 PS3と軍 … 本当にそんな話あるのか？ PS4と仮想通貨　… 本当にそんな話あるのか？ 山本直樹 … a.k.a. 森山塔 or 塔山森 明日また電話するよ … 最近になって読んでめちゃくちゃよかった山本作品。後半のCl2とか呼ぶ声の路線も好きすぎる。お子様注意。 イラレじゃなくてフォトショでした… … NHKの漫勉で紹介されていました。 1.5ml チューブ CHEMEX きみはコフィアを知っているか？ コフィアに関するブログ University of California Irvine ギルソン … ピペットのメーカー Mathiew Meselson … MM Mark Ptashne

生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)Show notes アミノ酸 リシン … ライシン、リジン。ヒストンといえば、これ。 トリプトファン グリシン ep55. Homecoming (Researchat.fm) … “クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。(過去のnakamura回-1)” ep56. Readable lab notebook (Researchat.fm) … “クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。(過去のnakamura回-2)” リン酸化 … タンパク質修飾のひとつ セリン … 名前はどこからとられたでしょうか？ スレオニン (トレオニン) チロシン … 構造タンパク質にはチロシンが重要な役割を果たしているものもある。詳しくは Benjamin et al., 2016 を参照 カイコのセリシン … カイコの絹糸はセリシンという糖タンパクの一種で覆われている。これを取り除く工程が精錬と呼ばれる工程。セリシンは化粧品にも使われる。 アスパラガス … 今の時期は旬で美味しい。アスパラギンはアスパラガスから単離された。 テラフォーマーズ … じょう…じょうじ… クモ … 糸の強さが注目され、盛んに研究されている。繊維化のメカニズムやその強さの秘密は全てが明らかになった訳ではなく、現在も盛んに研究されている。 カイコ … いわゆるシルクといえばカイコガのシルクのことを指す。最も材料として使われている構造タンパク質の一つであり、医療用材料にも使われている。国内外で盛んに研究されている。 ミノムシ … オオミノガは最近寄生バエにやられて数が減っていると言われている。ミノを持って帰ってきてハエが出てきた時の衝撃は大きい。 鱗翅目 (りんしもく) … 羽根にウロコがある人たち。鱗翅目のシルクについては Fedic et al., 2002 にまとまっています。 honeybee silk 糸腺 (しせん) … 絹糸腺のことをそう言っている。クモやカイコなど、糸を作る生物は

特定のRNAの発現に反応する細胞内センサーについての原著論文を紹介しました。Show notes A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs. BioRxiv 2022 … 今回紹介するプレプリントの論文。 57. All papers are created equal - Researchat.fm … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました” Ribozyme (Wikipedia) Tetrahymena Ribozyme … テトラヒメナ由来のリボザイムの反応についての解説。 Thomas Cech (Wikipedia) … “RNAが触媒的機能を持ち細胞内での反応に関与していることを初めて発見し、これをリボザイムと命名し…1989年にノーベル化学賞を受賞した” Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 A resolution. Nature 2021 … テトラヒメナの立体構造解析を行った論文。 Ribozyme-mediated repair of defective mRNA by targeted trans-splicing. Nature 1994 Raman2RNA: Live-cell label-free prediction of single-cell RNA expression profiles by Raman microscopy. BioRxiv 2021 Editorial notes この分野はおそらくこの先も面白い技術が次々に出てきそうです (soh) まぁええんじゃないですか (tadasu)

DNAを用いて迷路を探索する方法を開発した論文を紹介しました。Show notes Researchat.fmで2019年に紹介した論文まとめ Researchat.fmで2020年に紹介した論文まとめ ep122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell (Researchat.fm) … “自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。” ep123. We are still in the middle (Researchat.fm) … “数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。” ep24. Driving, Surfing, and Sciencing (Researchat.fm) … “PCR法の発明者であるKary Mullis博士追悼回。PCRの原理と初期プロトコルやKary Mullisの生涯、爆速DNAポリメラーゼ、DNAを用いたハミルトン経路問題の計算（DNA computing）について話しました。” ep7. In the golden age of molecular biology … “シドニー・ブレナー博士特集回（前半）。RNAタイクラブ、シドニー・ブレナーによる遺伝暗号解明へのアプローチ、ガモフの仮説、コドンとアミノ酸の対応関係、ファージを用いた遺伝学について、1950~60年初頭に出版された当時の原著論文を紹介し、分子生物学の黎明期における美しい実験や大胆な仮説と発見のドラマについて話しました。” ep48. XXXXXYYYYY … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。” Nature Materials Chao et al., Nature Materials (2019) … “Solving mazes with

mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。Show notes maz maz式ツイートの例 Kagayaさん … リザバーコンピューティングについてお聞きしたい。maz & kagaya回お待ちしております。 biomimetics/bio-inspired design: このあたりについて全く話せなかったが、生物は人の目から見て有用な特定の指標に特化しているとは限らない（一般にはしていない）ので、模倣する（バイオミメティクス）よりもそこから何らかの設計指針や着想を得るのに使う（生物規範工学・設計）方が良いだろうというのが大まかな流れとしてある、と思う。 Soft Robotics Wyss Institute Intelligence requires a body ゆるふわ生物学さんのシャコパンチ回 ショウジョウバエのホバリング： 高速度カメラによる運動計測 Fry et al., 2003; それを基にした数値流体力学シミュレーション (computational fluid dynamics, CFD) の論文 Aono et al., 2008, および動画. ハイスピードカメラ（高速度カメラ）とフィルム 分解能と解像度： mazの私見だが「解像度 (image resolution)」は、画像や画面などについて、その実空間での物理的な寸法とは無関係に縦と横の画素数だけを指す場合と、寸法を考慮しての画素密度 (dpi, ppi) の意味との両方で使われることがあるように思う。密度や「2点を区別できる最小の距離」という方について議論したいことを明確にするためには「空間分解能 (spatial resolution)」の方が誤解を避けやすくてよいのではないかと思う。同様に時間方向の刻み幅については「時間分解能 (temporal resolution)」がある。 29:45あたり、シャッタースピードをなぜ上げたいか（露光時間をなぜ減らしたいか）の説明がないが、物体の運動を撮影するときの「ぶれ（モーションブラー）」を減らしたいから。その直後、絞りと被写界深度の話で「奥行方向に動くようなカメラ」というのは意味不明だが、動くのはもちろんカメラではなく翼。「複数台のカメラで同時に撮影したときに、

過去2年分のお便りを紹介しました。Show notes TOKYO WARDROBE Ep21. Living in the base-21 world (Researchat.fm) … coelaが顕微鏡のワークショップに参加した感想を話す回。 Ep114. Logs of Logs (researchat.fm) …　”ブランドのカリスマ性とタトゥー/PCに貼るステッカー、大学の校章デザイン、スポーツチームのロゴデザイン、企業ロゴのデザイン、ポッドキャストのアートワークデザインについて話しました。” 東京外国語大学 … しびれる校章 横浜市鶴見区 … 区章？は鶴見区の横にあるやつっぽいです。 アメリカの救急車のマーク … “スター・オブ・ライフ（英: star of life、命の星）は「アスクレピオスの杖」を中心に青い六本の柱が突出したデザインのマーク。” NAIST Tシャツ … グツグツするTシャツ Ep10. The endgame keyboard (Researchat.fm) … “記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。” Ep66. Weaving a web of ideas (Researchat.fm) … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。” Ep57. All papers are created equal (Researchat.fm) … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。” ZEQUENZ/ジークエンス … SiO2さんにおすすめいただいたノート ユニボール ワン 0.38mm …SiO2におすすめいただいたボールペン Lily58 Pro … 自作キーボード Ep48. XXXXXYYYYY (Researchat.fm) … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました

過去2年分のお便りを紹介しました。Show notes Researchat.fm お便りフォーム … こちらからお便り受け付けております。 原腸陥入はお済みですか？ ルイス・ウォルパート「人生において最も重要なのは、誕生でも結婚でも死でもなく、原腸陥入の瞬間だ。」 V(D)J組換えはお済みですか？ アレグラ飲んで実験してるよね？ THIS WEEK IN VIROLOGY … 石原さんご紹介ありがとうございます。 TWシリーズ NEB podcast eLife podcast The Lonely Pipette : helping scientists do better science … SHIOTAさんが教えてくれた海外のresearchat.fmっぽいポッドキャスト 葬送のフリーレン 湯神くんには友達がいない … Ayaneさん、ご紹介ありがとうございました。 Artiste 防衛漫玉日記 神戸在住 76. The Chimeric RNA (Researchat.fm) … dessanがCRISPRについて説明してくれた回 79. Connecting Dots (Researchat.fm) … pomeさんがバイオスタートアップについて説明してくれた回 Zhu et al., Science Advances (2019) … “A prokaryotic-eukaryotic hybrid viral vector for delivery of large cargos of genes and proteins into human cells” たうちさん紹介ありがとうございます。おもしろい論文です。 いいねの数だけ論文を今年紹介する 2020年の論文紹介実績 2019年の論文紹介実績 登さんのブログ 登さんの情熱大陸 論理的思考の放棄 相分離 (Phase separation) LLPSに関する言及 … LLPS研究の歴史から問題点まで chromatin/DNA loop extrusion … 興味がある方はググってください。 Cytoscape Bioconductor Fiji/ImageJ Chan Zuckerberg Initiative